就在五军都督府和兵部忙着调动军队、运转粮草的时候，朱存梧也在准备进行大明下一步的变法。
随着新的内阁制度确立，朱存梧对于官场机制上的改革，目前已经进行得差不多了，
首先，中央朝廷方面，上至内阁、九部、都察院，下至五寺、翰林院、太学，都被朱存梧挨个梳理了一遍，重新规划了各个部门的职责。
一些无用重叠的部门，要么被兼并或者裁撤，要么重新赋予了新的职权。
如此一来，朝廷运转的效率极大提升，最大限度地防止了各部门之间的推诿扯皮。
还有太学的设立和科举的改制，让涉及儒家的考试内容，被压缩到了秀才这一级别，只要考过了秀才，就可以抛弃四书五经和八股文了。
故而近几年其他百家之学已经开始抬头，想来再有个十来年，就可以形成百家争鸣的景象，为大明朝提供源源不断的人才。
不过，这一切的背后，是陈士奇替皇帝承担了一切的骂名，他如今在仕林中的名声，比当年的严嵩父子还要不堪。
……
其次，军队方面，除了将五军都督府职权重新划分，重新树立了五军都督府权威之外，
朱存梧又彻底废除了军户制度，清查军田，改卫所为郡县，采取募兵制，各县兵曹撰按照兵部指令募兵，于各省新兵大营统一训练合格之后，才会分配到各个部队。
这样一来，不但解决了军队战斗力疲弱的问题，还彻底杜绝了将领们拿朝廷资源培养私兵家丁的挖墙脚现象。
……
最后，也是最重要的一点，朱存梧通过对地方官制方面进行改革，提高了朝廷对地方的控制了，再度加强了中央集权，可以支撑起朱存梧对其他领域的变法了。
这几年，朱存梧不断对地方行省、府郡、州县三级的官制结构完善改良，简单来说就是增加官位，明确职权，例如，
在行省一级。
巡抚制度被彻底落实，巡抚为正二品一省之长；以从二品布政使、正三品按察使和都指挥使佐之；
三司之下，设有正四品九曹政，上承朝廷九部，下接各府郡九曹令，同时还要受到巡抚管辖和三司使管辖。
此外，五京府已经被提升到与行省同一级（相当于后世直辖市），府尹同为正二品，同样设置有三司使和九曹政。
府郡一级。
各省省城、以及例如苏州这般赋税收入多的府郡，才可以命名为府（副省级城市），余者皆为郡（普通地级市）。
一府长官为正四品知府，以从四品长史、通判、守备等三署佐之；
府三署衙门之下设正五品九曹令，九曹令上承行省九曹政，下接州县九曹撰，中间接受知府和三署管辖。
一郡长官为正五品知守，佐官三署为从五品，九曹令为正六品。
州县一级。
撤销了原来的直隶州，散州和上县命名为州（类似县级市），主官为正六品知州，以从六品州丞、典史、巡检三班佐之；
三班之下，设正七品九曹撰，九曹撰听侯知州和三班管辖的同时，还要受到府郡九曹令的调遣。
一县主官为正七品知县，以七品县丞、典史、巡检等三班为佐官，同样配有正八品的九曹撰。